Malezja zajmuje dwa regiony: tzw. Malezję Półwyspową (Malezja Zachodnia) i północną część wyspy Borneo/Kalimantan.
Półwysep Malajski to południowo-wschodnie odgałęzienie Półwyspu Indochińskiego, oddzielone od wyspy Sumatra cieśniną Malakka, która z kolei cieśniną Singapurską jest połączona z Morzem Południowochińskim. W kierunku wschodnim od Półwyspu Malajskiego położone jest Borneo/Kalimantan – największa wyspa Archipelagu Malajskiego, wchodząca w skład Wielkich Wysp Sundajskich (w latach 1824-1963 obszary te, będące posiadłościami brytyjskimi, określano nazwą Malaje).
Ponad połowę powierzchni kraju zajmują góry i wyżyny. Wiecznie zielone lasy równikowe pokrywają 58 proc. powierzchni kraju, ale ich obszar się kurczy. Jeszcze w 1976 r. lasy zajmowały 67 proc. powierzchni Malezji.
Klimat
Średnia temperatura miesięczna wynosi 26–28°C, natomiast średnia roczna suma opadów waha się w granicach 2000–3000 mm. Nasilenie opadów (intensywne deszcze burzowe) występuje od listopada do marca. Wilgotność powietrza jest wysoka i przekracza 80–85 proc.